ニューヨークのブルックリンに暮らす配管工のマリオと弟のルイージは、水道管の修理中に謎のパイプを通じて不思議な世界に迷い込んでしまう。 キノコ王国にたどり着いたマリオは、離れ離れになったルイージを捜すことを決意。 一方、ルイージは闇の国を支配…